Air Europa hoạt động chính thức vào năm 1986 với tên gọi là Air España SA. Lúc đó, hãng là một phần của British ILG-Air Europe Group và thuộc sở hữu 75% của ngân hàng Tây Ban Nha. Hãng có màu sơn giống với Air Europe nhưng tên hiệu lại là Air Europa. Tất cả các máy bay của hãng lúc đó được đăng ký tại Tây Ban Nha và chuyên phục vụ các chuyến bay phục vụ giữa Địa Trung Hải và các thành phố ở châu Âu bằng một dòng máy bay boeing B737-300. Hãng là hãng hàng không đầu tiên phục vụ các chuyến theo quốc gia dự kiến và ngoài ra, các chuyến bay cho thuê cũng là một phần kinh doanh chính của Air Europa.

Khi ILG ngưng hoạt động năm 1991, Air Europa lại mang đến lợi nhuận với đội bay Boeing B737 lớn hon. Hãng đã ký một thỏa thuận nhượng quyền thương mại trong tháng 1 năm 1998 với Iberia, nhưng điều này đã bị giải thể. Hãng bây giờ là thuộc sở hữu của Globalia Corporacion Empresarial SA. Vào cuối những năm 1990, Boeing 737-800 máy bay phản lực đã được giới thiệu cùng với một màu sơn và nội thất mới. Tháng 6 năm 2005, hãng đã được công bố trong số bốn thành viên tương lai liên kết của liên minh SkyTeam, tham gia vào năm 2006. Tuy nhiên, ngày tham gia đã bị hoãn lại, và hãng cũng đã trở thành một thành viên vào ngày 1 tháng 9 năm 2007. Air Europa có công ty mẹ cho Air Dominicana, hãng vận chuyển mới của Cộng hòa Dominica, cho đến khi hãng phải tuyên bố phá sản vào ngày 21 tháng 9 năm 2009.